Народився у селі Токи (тоді польські землі, нині Тернопільщина) у селянській родині. Дитячі враження — побут батькового господарства, народні звичаї, ландшафти західного Поділля — стануть мотивами багатьох його творів останніх років життя.
1952–1959Навчається у Львівському училищі прикладного мистецтва ім. І. Труша на відділенні декоративного розпису (з перервою на трирічну військову службу в Баку). Тут він захоплюється творчістю народних майстрів, вивчає давні форми пластики, старовинні орнаменти. Тоді ж знайомиться з молодим викладачем Карлом Звіринським, під впливом якого активно займається самоосвітою, відвідує концерти класичної музики, театр. Серед найсильніших вражень того часу — концерти піаністів Рудольфа Керера та Святослава Ріхтера, скрипаля Ієгуді Менухіна, студентського хору Кембриджського університету. Незадовго до завершення навчання одружується з Ганною Паздрій, дівчиною зі співучої тернопільської родини.
1959–1964Навчається у Львівському державному інституті прикладного і декоративного мистецтва на кафедрі художньої кераміки. Педагоги з фаху — Р. Сельський, К. Звіринський, Ю. Лащук. Зеновій Флінта був одним з найстарших учнів Карла Звіринського, ще в училищі він у статусі молодшого колеги допомагав готувати матеріали для підпільної академії. У роки існування академії Флінта багато часу віддав опануванню західних теорій художньої форми, виконав безліч методичних напрацювань і формальних експериментів за методикою Баугаузу.
Графічні й живописні роботи першої половини 1960-х років являють собою рафіновані зразки практичного вивчення світогляду та художніх практик європейського авангарду. У творах часів підпільної академії — художнє осмислення синтетичного кубізму («Натюрморт із м’ясорубкою», 1962), стилізація природних мотивів («Пні», 1965), робота з підсвідомим («Композиція ІІ», 1963), робота зі стильовими архетипами різних культур («Еманації», «Портрет дружини на тлі єгипетських тканин», 1963).
Значний вплив на світогляд З. Флінти справили художники Роман Сельський та Ярослава Музика. Перший захопив його культурою французького живописного колоризму — від імпресіонізму, сезаннівських пошуків до неопластицизму École de Paris («Сад. Сутінки», 1965). Я. Музика — знавець давньої східної культури — навчила розуміти семіотику народного мистецтва («Мадонна», 1960-ті).
1965–1971Після припинення діяльності підпільної академії створює власну герметичну мову пластичних асоціацій, оперту на екзистенціальну філософію, що втілюється у природних формах: «Океанічна маска» (1968), «Зінгер» (1965), «Композиція VI» (1965). З 1965 року викладає на кафедрі кераміки у Львівському державному інституті прикладного і декоративного мистецтва, приділяє особливу увагу проблемам композиції. У 1967 році проходить стажування у Гданській академії мистецтв, після чого розробляє експериментальну навчальну програму «спецкомпозиція», яка базується на досягненнях промислового дизайну Західної Європи. На жаль, художнику не вдалося реалізувати свої педагогічні плани у стінах рідного інституту через тиск керівництва. 1969 року переходить на основну роботу до Художнього фонду.
У творах 1969–1970 рр. переважають фігуратив і жанрова тематика («Відпочинок, Купальщики», 1968), «Баркаси», 1969), «Пляж», 1970), але водночас художник тяжіє до модерної стилізації художньої форми («Стадіон», 1970, «Морський буксир», 1971, «Вітрильники», 1969). Саме тоді у Львові набував виставкової легалізації «радянський модернізм», тож композиційні рішення Флінти були своєрідним еталоном.
1971–1979Життя художника проходить між кераміко-скульптурною фабрикою, художнім фондом та інститутом. У 1971 році очолює секцію декоративно-прикладного мистецтва Львівського відділення Спілки художників УРСР. Завдяки таланту організатора й дипломата, Флінті вдається в умовах ідеологічного пресингу забезпечувати роботою «опальних» художників. У той час він стає палким шанувальником кінематографу Федеріко Фелліні, часто цитуючи фільм «Вісім з половиною», мотив якого є суголосним особистій творчій дилемі художника: як не втратити себе у середовищі слави і кон’юнктури? Активно бере участь у мистецьких проектах, зокрема за кордоном: здобуває почесний диплом на міжнародній виставці кераміки у Фаенці (Італія, 1973), експонує свої роботи на Міжнародній бієнале кераміки у Валлорісі (Франція, 1974).
У середині 1970-х, коли Львівська експериментальна кераміко-скульптурна фабрика випускає сувенірні тиражі, З. Флінта створює авторську серію керамічних пластів з краєвидами Львова у техніці емалевого розпису, продемонструвавши вміння оминути спокусливі принади «кічу» в тиражному виробництві. У 1970–1980-х роках у співавторстві з А. Бокотеєм, Ф. Черняком і Р. Петруком виконує ряд монументальних об’єктів у модерній стилістиці зі скла та кераміки.
В умовах тотальної русифікації та критики західних впливів у мистецтві художник повертається до міметичної форми — багато працює з натурними замальовками, активно їздить на етюди. Але водночас у його творах знаходимо занурення в естетику магічного реалізму, суголосні натурфілософським тенденціям другої половини ХХ ст. у країнах Північної Америки та Європи. У другій половині 1970-х у творчості митця визріває самобутній стиль «жанрового екшену», де педантично довершена форма графічного рисунку портретів, пейзажів або натюрмортів поєднується з колажем перспективних планів інших композицій: «Поділля. Жнива» (1977), «Автопортрет з горлицею» (1974), «Мелодії Баха» (1975) «Пейзаж з маками» (1977).
1980–1988Творчі орієнтири Зеновія Флінти останніх років: сентиментальні мотиви рідного міста («Площа ринок», 1988), карпатська природа («Ранок у лісі», 1980), ландшафти Світязя («Ранок у с. Світязь», 1985). Працює переважно пастеллю — етюдним засобом, що дозволяє зафіксувати найтонші відтінки. Світоглядну парадигму цього періоду можна охарактеризувати як постіндустріальний неоромантизм («Гілка яблуні», 1984, «Часник», 1986). Останні роботи майстра — своєрідна натуралістична медитація, коли з простого мотиву ковальських інструментів художник може розгорнути цілу живописну драму («У батьковій майстерні», 1988, «Старі ваги», 1988).
2 квітня 1988 року помирає у Львові, похований на полі № 21 Личаківського цвинтаря.